2016年，总局发布第二批免于进行临床试验的医疗器械目录，对267种第二类医疗器械、92种第三类医疗器械，合计359种医疗器械产品免于进行临床试验。

2016年，总局医疗器械技术审评中心（以下简称“器审中心”）创新审评模式，将所有创新医疗器械特别审批项目、医疗器械应急审批项目、重大项目、疑难性产品注册申报项目和临床试验审批项目纳入项目小组审评。全年共有880个审评项目采用小组审评模式。

2016年，总局审定发布外科植入物、消毒设备等250项医疗器械行业标准，其中强制性标准48项，推荐性标准202项，并发布1项标准修改单。

截至2016年12月，我国已有医疗器械标准1515项。其中，国家标准222项、行业标准1293项；强制性标准483项、推荐性标准1032项。

2016年，中国食品药品检定研究院组织制定并发布2批注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品目录，共计61个品种，对体外诊断试剂生产企业产品研发和质量控制起到了积极作用。

2016年，总局制修订并发布磁疗产品、牙科种植体（系统）、可吸收缝线等48项医疗器械注册技术审查指导原则。截至2016年底，总局共发布180项医疗器械注册技术审查指导原则。

 2016年，总局开展2批医疗器械临床试验监督检查工作。从1500个注册申请项目中抽取20家企业的20个注册申请项目，对涉及的40家临床试验机构进行检查，发现8个存在真实性问题的申请项目，对其不予注册。2016年6月总局部署开展临床试验监督抽查以来，共有122家企业主动撤回263项医疗器械注册申请。上海市食品药品监管局、市卫生计生部门出动176人次，检查94个临床试验项目。北京市局对39个产品22家医疗机构实施现场检查，对6个存在真实性问题的项目不予注册。江苏省局抽取40名检查员分成8个检查组，从临床试验备案中抽取23个试验项目进行现场检查。  

2016年，各省局对境内第三类医疗器械注册质量管理体系核查896项，报告核查结果907项。